在木頭粉碎機運轉中要注意軸承的溫度，使軸承保持良好的潤滑狀態，并且注意音響和振動有無異常。發現不正常情況時，應停車檢查是否被不易破碎的物件卡住，或機件是否損壞。木頭粉碎機的保險裝置，要保持良好狀態，絕不可為省事，而使保險裝置失效。
  要保持木頭粉碎機的給料均勻，防止過載，嚴防木材等不能破碎的物件落入木頭粉碎機機中。無法破碎時，入料水分不能過高；濕法破碎時，則需要保持適當的水量，防止因沖水不足而堵塞，降低生產能力，磨損了的部件，應及時更換或維修。
  木頭粉碎機停車時，要檢查緊固螺栓是否牢固，易磨損部位的磨損程度如何。對木頭粉碎機來說，還應當利用停車機會除掉夾在齒牙間的木材，停止運轉前，應先停止給料并將機中物料排凈，然后才切斷電動機電源。在起動前，應當先用人力將傳動輪搬動一兩圈，確認運動靈活后，始可開車，等木頭粉碎機運轉正常后給料。
  木材焚燒污染空氣環境，危害人體健康，所以現在通常禁止廢舊木材、秸稈焚燒。現在一直強調禁止焚燒冒燒現象，是要求人們提高保護環境的意識，而木頭粉碎機的出現很好的解決了這一問題。